非標鉆機床在進行鉆孔之前，我們首先需要按照圖紙上的鉆孔位置，在工件上畫出相對應的中心線和相對應的輪廓線，并且需要在打孔的中心以及各個圓周上面打樣還有沖眼。

在開始鉆孔的時候，非標鉆機床的使用者應該以手動調整工作臺的操作來進行目測，讓磚頭軸線和工件孔的中心進行重合，繼續是輕微的鉆出一個小淺孔。而后需要觀察小孔的位置是否在正中央的位置，沒有沒偏斜，如若鉆頭的軸線已經對準了小淺孔，下面可以進行余下的操作。

如果是多孔的工件，我們可以利用非標鉆機床的工作臺進給手柄刻度盤上的刻度來控制工作臺的移動距離，準確地按其中心距對下一個孔的位置進行定位，同時還可以參照孔的劃線位置，進一步確定孔的位置是否正確。

在整個鉆孔過程中，如果遇到了孔坑偏斜的情況時，我們應對它進行校準。在淺孔坑與劃線距離較大處磨幾條淺槽，落下鉆頭試鉆。待孔坑校準后才可以鉆孔；鉆孔前，應先校正回轉工作臺與工作臺臺面垂直，并校正圓周等分孔的回轉軸線與回轉工作臺主軸軸線相重合；對于工件直徑較大或是圓周等分的孔，可將工件用壓板裝夾在回轉工作臺上進行鉆孔。